Христианство проникло в Среднюю Азию из Персии, куда оно было принесено сирийцами. Сирийский язык остался языком богослужения как у персидских, так у сирийских христиан. Принятие христианства римскими императорами вызвало гонение не христиан в Персии и переселение части христиан на Восток. 

С 334 г. упоминается христианский епископ в Мерве. В V веке принятие персидскими христианами несторианства и разрыв их с Римом и Константинополем примирил с ними персидских царей. Распространение христианства среди турок началось в VII веке. В это же время христианство проникло в Китай (по-видимому, морским путем).

Несторианские общины были в Средней Азии и в период господства ислама. В Х веке упоминаются христиане селения Вазкерд (в горах к югу от Самарканда) и Винкерд (сейчас Ташкент, столица Узбекистана). В 1007 году христианство принял народ кераитов в Монголии. В XII веке была учреждена митрополия в Кашгаре, которой была подчинена также южная часть Семиречья. К XIII – XIV векам относятся христианские кладбища с сирийскими надписями, открытые в 1886 году в Семиречье (в районе нынешней столицы Киргизии Бишкека) и в 1902 году в Кульджинском крае. В начале XIII века было много христиан среди кочевых найманов (в западной части Монголии) и оседлых уйгуров.

Слухи о распространении христианства на Дальнем Востоке вызвали в Европе представление, что нашествия с Востока, которым подвергался мусульманский мир в XII и XIII веках, были делом христиан. Получила широкое распространение легенда «о священнике Иоанне», будто бы соединявшем в себе достоинства царя и первосвященника.

Христианские кераиты, найманы и уйгуры имели значительное влияние при дворе Чингисхана и его приемников в Китае, Средней Азии и Персии. С XIV века с несториаством (или скорее всего с сирийскими монофизитами яковитами) вступает в борьбу католическая пропаганда. Возникают католические епархии в Пекине, Алмалыке («Яблочная долина» между Алма-Атой и Кульджой) и Самарканде.

Успехи ислама и буддизма в XIV веке прекратили деятельность христианских миссионеров. Кровавое гонение на христиан упоминается в 1338 году в Семиречье, которое, однако, продолжалось недолго. Остатки христиан были истреблены Тимуром, что подтверждается письменными источниками.

В. Бартольд